系统的生物学家培养了一个独特的果园。跟随查尔斯·达尔文，他们成长系统发育树- 描绘行的分支图进化后裔回到一个共同的祖先。
也称为系统发育，这些线条和分类的组装以不同的特异性将生物多样性绘制出，从单个生物到更广泛的分类学排名，例如王国和领域。每棵树，这些生物学家越来越接近发现更大的东西：生命本身的四维模型。
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科学家使用许多工具来重建生命之树。他们严重依赖分区，一种假设生物之间关系的方法。可以将其视为为未知祖先提供空白的家谱。他们还转向分子测序，其中通过比较它们的分子细节来揭示不同生物体之间关系的层次结构。再次想一想一棵家谱，只有这次使用DNA证据来弄清楚图表上的情况。当然，还有化石记录：被监禁的过去生命的矿物残留物地球本身。
但是，化石记录非常不完整。这是一个主要原因：沉积物必须覆盖有机体的遗骸，以便开始长期化的化石过程。在此之前，大多数生物都会分解。如果有机体恰好存在或生活在沉积物中或周围，则化石的赔率会增加。例如，三叶树，古老的海洋节肢动物符合这两个标准，因此它们相当普遍。这霸王龙但是，稀有。它是大而居住的土地，作为最高捕食者，人口的比例却少得多。
另外，化石可能被石头固定，但远非不透水。像所有岩石一样，它们侵蚀，融化和碎片。在所有化石中，我们还没有发现无法正确破译的化石（由于部分化石或技术不足），并且化石记录甚至更具斑点。
因此，像矿物化的骨头本身一样，化石记录是一个不完整的框架，科学家通过其他方法充实。尽管分子术，分子测序和化石记录所有呈现不同的数据集，但系统生物学家通常在这三个数据中发现了相似的多样化模式。换句话说，这三种方法相互补充，并描绘了生命之树的样子。
化石记录在我们尝试寻找的时间越来越多的时候变得更加不完整。最近的生物也不会出现。例如，Bivalvia级的淡水软体动物在某些子类中遭受高达45％的不完整[来源：Valentine等。]。化石记录中的重要联系也没有说明，例如连接整个门的古老的最后一个共同祖先。对化石过程的研究继续阐明我们缺少多少唱片。
因此，在许多领域，化石记录几乎缺乏。然而，就像在犯罪现场的指纹一样，这只是难题的一部分。化石，分子和分子测序共同形成一个更大的图片，可以正确记录生命的进化[来源：Benton等。]。
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