燃料电池在氢气上运行，氢气的元素具有低点点。这导致了一些特殊的安全问题。甚至在燃料电池可以广泛用于汽车之前，就必须建立氢输送系统。运输系统需要一个管道网络，卡车运输系统，氢生成植物和氢燃料站网络。沿着该网络的每个点都需要在物理，化学和机械上固定。
甚至氢燃料电池供电的汽车本身的存储系统也会呈现出独特的问题。这氢与气体相比很重。因此，为了使一辆汽车存储足够的氢气，可以在预期的全储罐（300英里或480公里）中旅行的常规驾驶范围，汽车框架要么需要更坚固，要么科学家需要找到一种方法来制造完整的氢燃料细胞打火机。
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消防员，紧急医务人员，警察 - 任何类型的第一响应者 - 都必须为涉及氢燃料电池驱动车辆的汽车事故开发新的过程和响应。实际上，从汽车到管道再到氢生成工厂的氢网络中的任何点，任何事件都将需要制定特定的安全计划，以涉及氢爆炸。结果，这种责任实际上是在氢燃料电池的工程师上，以确保他们设计安全可靠的系统。
